Prediksi Struktur Protein

Metode prediksi struktur protein yang ada saat ini dapat dikategorikan kedalam dua kelompok, yaitu metode pemodelan protein komperatif dan metode pemodelan de novo. Pemodelan protein komperatif meramalkan suatu protein berdasarkan struktur protein yang lain telah diketahui salah satu penerapan metode ini adalah pemodelan homologi yaitu prediksi struktur tersier berdasarkan atas kesamaan struktur primer protein.

Pemodelan homologi didasarkan atas teori bahwa dua protein yang homolog memiliki struktur yang sangat mirip satu sama lain. Pada metode ini struktur suatu protein disebut dengan protein target yang diketahui dan memiliki kemiripan. Sekuens dengan protein target, selain itu pemodelan komparatif adalah protein threading yang didasarkan atas kemiripan struktur tanpa kemiripan sekuens primer, latar belakang protein threading adalah bahwa struktur protein lebih dikonservasi daripada sekuens protein selama evolusi.

Dalam pendekatan de novo atau abinito struktur primer di tentukan dari sekuens primernya tanpa membandingkan dengan struktur protein lain. Terdapat banyak kemungkinan misalnya dengan menirukan proses pelipatan (folding) protein dari sekuens primer menjadi struktur tersier misalnya dengan simulasi dinamika molekuler atau dengan optimasi global fungsi energi protein. Prosedur-prosedur ini cenderung membutuhkan proses komputasi yang intens sehingga saat ini hanya digunakan dalam menentukkan struktur protein-protein kecil.